Si ma prima devi fare l'override del metodo (Che devi fare dentro la classe MainFrame) nel modo in cui ti ho scritto sopra.

Chiariamo il tutto senza parlare più con nomi inventati:

io ho una classe
public class NetDatiPanel extends JPanel implements FocusListener, ItemListener {
//Lo voglio richiamare qui
}


e rvoglio richiamare il metodo che si trova nella classe
public class CMASTree extends JTree implements DragGestureListener, DropTargetListener,DragSourceListener{


//Che viene così richiamato
updateModel(root);

//Ecco il metodo
public void updateModel(TreeNode root) {
this.nodeSalva = root;
((CMASMutableTreeNode) root).setTree(this);
treeModel = new DefaultTreeModel(root);
super.setModel(treeModel);
}
}

Questo metodo lo devi utilizzare solo se dentro la classe NetDatiPanel non hai il riferimento al tuo rootNode

public class NetDatiPanel extends JPanel implements FocusListener, ItemListener {

private CMasTree mioTree
public NetDatiPanel(CMasTree tree){
this.mioTree = tree;
}
mioTree.updateModel();
}

public class CMASTree extends JTree implements DragGestureListener, DropTargetListener,DragSourceListener{

//Ecco il metodo
public void updateModel(TreeNode root) {
this.nodeSalva = root;
((CMASMutableTreeNode) root).setTree(this);
treeModel = new DefaultTreeModel(root);
super.setModel(treeModel);
}

//Override metodo
public void updateModel() {
((CMASMutableTreeNode) nodeSalva).setTree(this);
treeModel = new DefaultTreeModel(nodeSalva);
super.setModel(treeModel);
}
}

Altrimenti se tu hai un riferimento al tuo rootNode, e secondo me lo dovresti avere perchè altrimenti non puoi cancellare devi utilizzare semplicemente il seguente metodo

rivate CMasTree mioTree
public NetDatiPanel(CMasTree tree){
this.mioTree = tree;
}
mioTree.updateModel(tuoRootNode);
}

public class CMASTree extends JTree implements DragGestureListener, DropTargetListener,DragSourceListener{

//Ecco il metodo
public void updateModel(TreeNode root) {
((CMASMutableTreeNode) root).setTree(this);
treeModel = new DefaultTreeModel(root);
super.setModel(treeModel);
}

}

Ora se il tuo problema è trovare il tuoRootNode basta che fai:

TreeNode tuoRootNode = (TreeNode) tree.getModel().getRoot();